从巂州（治所在今四川西昌）召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。

同一天（7月10日），任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。

七月初三己丑日（7月31日），以秦王府护军秦琼为左卫大将军，又以程知节为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。

七月初六壬辰日（8月3日），以高士廉为侍中（相当于宰相），房玄龄为中书令（亦相当于宰相），萧瑀为左仆射（亦相当于宰相），长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。

七月初七癸巳日（8月4日），以宇文士及为中书令，封德彝为右仆射（亦相当于宰相）；又以前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为右武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。至此，李世民集团成员和支持李世民的官员控制了国家的要害部门和职位，完全掌握了全国军政大权。

太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利的人争相告发捕捉他们，以此邀功请赏。谏议大夫王圭将这种情况告诉了太子世民。七月初十丙申日（8月7日），世民颁布太子令：“六月四日玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人以诬告罪论处。”

七月十一丁酉日（8月8日），朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，允许他见机行事。魏徵来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。魏徵说：“我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢！虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢！我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢！”于是，他将李志安等人一律释放。太子世民得知此事后甚为高兴。

李世民即位后，于贞观十七年二月廿八戊申日（643年3月23日）下令将宫廷画师阎立本所画的辅佐他平定天下，安邦治国的二十四位功臣的画像悬挂于宫中凌烟阁之上，世称这二十四位功臣为“凌烟阁二十四功臣”，其中大部分功臣都参与了“玄武门之变”的谋划，在政变前就属于世民一党或支持世民一党，也有如魏徵这样原太子建成一党、后来为太宗所用的能臣。

折叠高祖内禅，太宗即位

六月十六壬申日（626年7月14日），高祖将亲笔诏书赐给裴寂等人说：“朕应当加上太上皇的尊号。”表达了自己要退位和内禅的想法。

六月廿九乙酉日（7月27日），撤销了太子世民兼任的天策上将府邸，为世民登基做准备。

八月初八癸亥日（9月3日），高祖颁布制书，将皇帝位传给太子世民，自为太上皇，仍居于大内皇宫正殿——太极殿。世民坚决推辞，高祖不许。

高祖颁布传位制书的第二天，即武德九年八月初九甲子日（626年9月4日），太子世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，从此开始了他辉煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日（627年1月23日）改元贞观。太宗在位期间文治昭昭，武功赫赫，史称“贞观之治”。

太宗即位后，于武德九年[十月初一丙辰日（626年10月26日）下达诏书，追封已故太子皇兄李建成为息王，谥号为隐，是为息隐王；皇弟齐王李元吉为海陵郡王，谥号为剌，是为海陵剌王，以皇家丧礼重新安葬。安葬那一天，太宗在宜秋门大哭一场，显得十分哀痛。谏议大夫魏徵、王圭两人上表请求陪送灵车到安葬地，太宗答应了他们的请求，并命令原东宫和齐王府的幕僚属官都去送葬。从太宗给两位兄弟的封号和谥号来看，无疑是降低了他们的地位身份：建成原为皇太子，降为息王（亲王级别），谥号为隐，是中下等谥号（按谥法：“隐拂不成曰隐。不显尸国曰隐。见美坚长曰隐。”指本性难改，言过其实。又：“隐，哀也。”指柔弱短寿）；元吉原为齐王（亲王级别），降为海陵郡王（郡王级别），谥号为剌，是下等谥号（按谥法：“愎很遂过曰剌。不思忘爱曰剌。”指刚愎自用，忘恩负义。）。

贞观十三年十二月初七乙亥日（640年1月5日），太宗封庶出皇子李福为赵王，过继给已故皇兄建成为嗣。

贞观十六年六月初六庚寅日（642年7月8日），太宗再次下诏恢复息隐王建成皇太子的封号，改封海陵剌王元吉为巢王（恢复为亲王级别），谥号不变，故后世称两人为“隐太子”、“巢剌王”。两人生前的身份地位恢复了，但恶谥依然伴随着他们。

太宗去世后，其子李治继位，是为唐高宗。高宗于显庆年间下达诏书，令